A Canonical implementou esse recurso (criptografia de disco completo) na edição do instalador do Ubuntu a partir de 12.10 porque os CDs alternativos são descartados. De QQ Alternate CD não estão mais disponíveis.
"Criptografando disco cheio" significa criar volumes criptografados (luks) e usa disco completo, não apenas pasta / home. A criptografia do disco inteiro é mais segura e com essa opção você pode desmarcar "Criptografar minha pasta pessoal". Não há necessidade de usar dois tipos de criptografia. Se você quiser apenas criptografar sua pasta pessoal (sem partição criptografada / e swap), use apenas a segunda opção.