O seguinte deve ser feito:
eclipse -data /home/user/path/to/workspace
Aqui, uma lista de todos os argumentos da linha de comando do eclipse .
Como alternativa, se você tiver apenas uma área de trabalho, poderá selecionar uma área de trabalho na caixa de diálogo e marcar a caixa "Usar isto como padrão e não perguntar novamente".