Você pode criar um arquivo de atalho na área de trabalho e colocá-los em $HOME/.local/share/applications/
seu chaveiro ainda gerenciará as senhas para que não senhas de texto simples.
Abaixo está o conteúdo do arquivo. Nomeie-o what_ever_you_like.desktop
e adicione permissão de execução, coloque-o no caminho acima para facilitar o acesso ao menu. Para aliases de terminal SSH são provavelmente melhores.
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
StartupNotify=true
Exec=nautilus ftp://ftp.mysite.com/public_html
Path=
Name=A meaningful name
Comment=FTP site Access
Icon=folder-remote
PS: Sobre o 'bug Nautilus', não acredito que seja apenas um caso de uso não considerado.