Você não pode armazenar ACLs durante a compilação do pacote. É necessário defini-las depois que o pacote for instalado, no pacote postinst . Para fazer isso, crie um arquivo chamado postinst no diretório debian e adicione o comando setfacl lá. Você também precisará adicionar uma dependência em acl no seu arquivo control .
O fato de /etc/NetworkManager não pertencer ao seu pacote adiciona uma reviravolta adicional, mas eu imagino que seu pacote não esteja destinado a ser carregado nos repositórios Debian ... Você normalmente também teria que passar por alguns aros para lidar com a possibilidade de que /etc/NetworkManager seja excluído e recriado sem as ACLs, mas isso parece bastante improvável na prática.