Parece que a pergunta é bem antiga, mas para alguém como eu que enfrenta o mesmo problema - há um
DefaultTimeoutStartSec
DefaultTimeoutStopSec
opções responsáveis por isso no global /etc/systemd/system.conf .
Ou o
TimeoutStartSec
TimeoutStopSec
nos arquivos individuais .service vinculados em /etc/systemd/system ,
que no meu sistema foi definido por padrão para 15s . Mudando para 60s resolveu o problema