O mais simples é provavelmente usar o awk para gerar o comando de plotagem desejado. Por exemplo,
f(a,b,x)=a*exp(-0.001*(x-b)**2)
sum(x) = 'awk <data '{v = v sprintf("f(%s,%s,x)+",$1,$2)} END{print v "0"}''
set xrange [250:650]
plot sum(x)
Isso usa backticks dentro do arquivo de comando do gnuplot para executar o awk, que lê o arquivo de dados e gera uma string como:
f(1,2,x)+f(3,4,x)+...0
em que 1,2 3,4 são os primeiros 2 conjuntos de valores dos dados.
A função definida pelo usuário do gnuplot sum()
está configurada para isto, e você pode plotar isto.