ls -l
exibe o tamanho do arquivo na quinta coluna. ls -s
não exibe o tamanho do arquivo. O que é exibido é o tamanho alocado . Não é a mesma coisa.
O tamanho de um arquivo é uma propriedade do arquivo. É o número de bytes que constituem o conteúdo do arquivo, nem mais nem menos.
O tamanho alocado de um arquivo é uma propriedade de como o arquivo é armazenado. Na maioria dos casos, o tamanho alocado é um pouco maior que o tamanho, porque os sistemas de arquivos dividem o espaço em blocos e o tamanho alocado é o tamanho total dos blocos usados para armazenar o arquivo. A menos que o tamanho do arquivo seja um múltiplo do tamanho do bloco, haverá um bloco que não será usado por completo.
Você está vendo arquivos cujo tamanho é menor que 4kB e cujo tamanho alocado é exatamente 4kB. Isso é muito comum: você tem um sistema de arquivos com um tamanho de bloco de 4kB.
Veja também Quando 'ls -s' imprime "0" e tamanho do bloco de arquivo - diferença entre stat e ls