Os aliases não são herdados por subprocessos. Se você quiser o alias em seu script, você poderia buscar em seu /root/.bashrc novamente .. mas, eu não faria isso. Eu prefiro ser mais detalhado em meus scripts e usar o nome do comando real.
Eu vejo aliases como sendo mais de um protetor de pressionamento de tecla no shell. Isso não é realmente necessário em um script. Se alguma coisa, usando o comando real, adiciona uma melhor compreensão para quem precisar manter seu script mais tarde.