Para descartar blocos não utilizados no sistema de arquivos, existe um comando fstrim
, parte de util-linux
package.
Mas, para usá-lo no Virtualbox, é necessário ativar a opção de descarte em seu disco virtual, interrompendo sua VM e executando o seguinte comando:
VBoxManage storageattach <VM name> --storagectl "SATA" --port 0 --discard on
onde "SATA" e 0 são parâmetros do seu controlador de disco, podem ser verificados nas configurações do VB para sua VM específica.
Em seguida, inicialize sua máquina e execute
# fstrim /
Para automatizar este processo, adicione este comando ao cron, uma vez por semana é suficiente.