Isso pode não ter nada a ver com isso, mas o seu laptop está conectado? Em um esforço para economizar energia da bateria, seu sistema provavelmente está girando o disco quando não estiver em uso por algum período de tempo. Quando em corrente alternada, ele pode estar mantendo o desempenho máximo - gerando temperaturas mais altas. Além disso, CERTIFIQUE-SE de que o seu fã não está entupido, ou o laptop está em um espaço apertado. Cam eu tenho suas especificações do Ubuntu também?