Você instalou uma versão do Python em /usr/local . Você removeu agora parte disso. Você está tentando usar uma parte que ainda está presente, mas não vai funcionar sem a parte que você removeu.
A menos que sua instalação tenha sido extremamente confusa, /usr/local/bin/pip corre /usr/local/bin/python , que procura por arquivos de biblioteca em /usr/local/lib/python3.5 (supondo que seja a versão 3.5 do Python). Se você deseja executar essa versão do Python, não é possível remover /usr/local/lib/python3.5 . Se você não quer rodar essa versão do Python, então você precisa remover todos os seus arquivos. Isso significa remover /usr/local/bin/python e todos os arquivos que foram instalados com ele, como /usr/local/bin/pip . Provavelmente existem arquivos em outros diretórios, como /usr/local/man ou /usr/local/share/man .
A desinstalação de aplicativos de /usr/local é confusa, e é por isso que é recomendado usar um gerenciador de pacotes - obtenha pacotes de uma distribuição do Linux ou use arrumar . Consulte Como acompanhar os programas Como no seu caso, o dano foi causado , você precisará rastrear os arquivos a serem removidos manualmente. Procure arquivos cujo tempo de modificação seja o mesmo.
Depois de limpar essa instalação do Python em /usr/local , a execução de pip chamará /usr/bin/pip , que vem com sua distribuição (supondo que você tenha instalado os pacotes Python de sua distribuição - se não tiver, isso.