Soma todos os valores em uma coluna com um cabeçalho especificado

Question

Eu tenho um arquivo que tem seções com tabelas diferentes. Eu quero somar todos os valores contidos em cada coluna com o cabeçalho N * dN

Por exemplo:

omega (dN/dS) = 999.00000

dN & dS for each branch

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

  11..6      0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   3.0   0.0
  11..7      0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   4.0   0.0
  11..12     0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   0.5   0.0

omega (dN/dS) = 1.00000

dN & dS for each branch

 branch          t       N       S   dN/dS      dN      dS  N*dN  S*dS

  11..6      0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   7.0   0.0
  11..7      0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   2.0   0.0
  11..12     0.000   532.0   266.0 999.0000  0.0000  0.0000   0.4   0.0

Saída desejada:

7.5
9.4

Talvez alguma modificação de

awk '{s+=$8}END{print s}'

onde eu posso especificar o título da coluna e fazer com que ele imprima os resultados separados de cada soma, não a soma das somas ...

    

Answer 1

Você pode usar awk desta forma (supondo que o conteúdo seja sempre seguido pelo cabeçalho correspondente e pelas mesmas contagens em todos os +, não havendo linhas vazias entre eles).

awk 'f{s+=$8;f++} ($8=="N*dN"){f=1} (f>4){print s;f=s=0}' infile

Ou, no caso geral, use-o como abaixo. Será somado até o próximo N*dN visto na coluna # 8:

awk 'f{s+=$8} (f &&$8=="N*dN"){print s;f=s=0} ($8=="N*dN"){f=1} END{print s}' infile

    

Answer 2

Outra abordagem do awk :

awk '$8=="N*dN"{ r=NR; if(s) print s; s=0 }r && NR-r<5{ s+=$8 }END{ print s }' file

A saída:

7.5
9.4

    

Answer 3

Bem, não é uma coisa engraçada com os olhos de um programador, mas é realmente rápido e tudo bem para tarefas simples.

Como podemos ver, todas as linhas interessantes contêm a string .. , então podemos filtrá-las com grep :

grep -F '..' <input.txt|awk 'BEGIN{s=0}{s+=$8}END{print s}'

Para fazer isso com várias colunas, você precisa usar várias variáveis (por exemplo, $a , $b , $c , ...).

    

Answer 4

Você pode usar algo assim:

(awk '{if($8=="N*dN")next}{print 0$8}' data.txt | tr '\n' '+'; echo 0) | bc -l

{if($8=="N*dN")next} descarta cabeçalhos inúteis

{print 0$8} imprime o oitavo campo com um '0' inicial (irá substituir campos vazios por 0).

tr '\n' '+'; echo 0 substituirá o final das linhas por '+' e por um 0 final

bc -l somará tudo isso