Observe que você está substituindo apenas #BARMAN#
e não o (s) espaço (s) posteriormente.
Para fazer isso, use
sed '/archive_command/s/#BARMAN# *//'
ou, para permitir guias e espaços:
sed '/archive_command/s/#BARMAN#[[:space:]]*//'
Isso removerá a sequência e qualquer número de espaços ou guias depois.