Eu resolvi isso sozinho. Aparentemente, o XTightVNCServer iniciou automaticamente uma instância do gerenciador de janelas twm
, que eu não notei. Quando iniciei o LXDE, ele foi iniciado apenas como uma janela em twm.
Como parece, se você iniciar dois gerenciadores de janelas, o segundo é iniciado apenas como uma janela no primeiro.
Então parar twm antes de começar o LXDE fez o truque para mim.