Considere que você tem duas opções para instalar o software:
1) Todo o sistema: o aplicativo será acessível por todos os usuários e terá que ser instalado com privilégios de administrador (root). 2) Somente para seu usuário, dentro de seu / home / user, a instalação não precisa de privilégios de administrador.
No caso 1, você normalmente tem os dois lugares que você mencionou: / usr / local e / opt. Se o .tar.gz tiver uma estrutura de diretório própria, recomendo que você coloque os arquivos dentro de / opt / PHPStorm, mantendo a estrutura. / usr / local é mais adequado para instaladores que conhecem seus subdiretórios.
No entanto, para um IDE como o PHPStorm, seria melhor instalá-lo dentro de sua casa, em local como / home / user / bin / PHPStorm. Desta forma, seria mais fácil atualizar, instalar complementos, etc.