A resposta curta é que você não pode.
Conforme indicado na documentação ,
Annotations created in Okular are automatically saved in the internal local data folder for each user.
(como você determinou). Olhando para o código-fonte, isso não é personalizável externamente; Para alterar esse comportamento, você precisa alterar o programa em si.
Existem duas formas suportadas de armazenar anotações com o arquivo PDF:
- exportar um arquivo de documentos, que é um único arquivo que armazena o arquivo PDF e suas anotações;
- salvando o PDF como um novo PDF, que conterá as anotações também.
Nenhuma dessas opções atende à sua exigência de fornecer o PDF não anotado; não parece ser uma maneira de fazer isso facilmente, a menos que você mesmo forneça uma cópia do PDF original.