Eu descobri, é a seção homes, que irá criar o diretório home do usuário do samba para uma pasta compartilhada automaticamente. Como / var / www / html é o diretório home do meu usuário apache, isso cria duplicação
[homes]
comment = Home Directories
valid users = %S, %D%w%S
browseable = No
read only = No
inherit acls = Yes