Eu fiz essa pergunta em mais de 1 site stackexchange porque em 2 sites as pessoas disseram que era o site errado, e eu esqueci essa. Mas a mesma questão é resolvida aqui . Abaixo está uma cópia da resposta aceita :
O phpMyAdmin está disponível para todos os hosts via alias em meusite.com/phpmyadmin , e se você adicionar bancos de dados e usuários, então restrinja os usuários a visualizar Apenas determinados bancos de dados, quando eles fazem login, verão apenas um banco de dados. E se vc quiser permitir o phpmyadmin para certos websites, remova esta linha
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
de
/etc/phpmyadmin/apache2.conf
e adicione isso ao vhost do site que você deseja habilitá-lo
<VirtualHost *:80>
ServerName onlyphpmyadmin.domain.com
.
.
.
Alias /phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
</VirtualHost>