Eu não tenho 100% de certeza, mas dependendo de qual placa-mãe você tem, o driver MD no Linux pode estar tentando montar o próprio array, e como resultado aparafusando a configuração feita pelo firmware (se ele estiver integrado um MB, quase nunca é hardware RAID, e geralmente é feito em firmware). Além disso, se é uma placa-mãe Intel mais recente, o modo 'RAID' do controlador de armazenamento não é suportado no Linux (esse modo existe principalmente para permitir que o Windows configure o RAID e também para ignorar a configuração de gerenciamento de energia da Microsoft em seu AHCI driver).
Além disso, como regra geral, você quase certamente quer usar o software RAID e não o firmware RAID ao lidar com qualquer coisa, menos com o Windows. A questão que você está vendo é uma das razões para isso, mas outras grandes são:
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Se você precisar substituir a placa-mãe, poderá perder a configuração do RAID (seja porque o firmware a armazena na NVRAM ou porque o novo MB não suporta a mesma implementação de RAID).
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Com o software RAID (pelo menos, ao usar o LVM, que é o método preferido no Ubuntu, acredito), você pode lidar mais facilmente com falhas de dispositivos on-line e também ter um melhor controle de como elas são tratadas.