Desde que você declarou que estava usando o GNOME, presumo que esteja tentando abrir o xterm a partir do tela que aparece na qual seus aplicativos de desktop estão listados, certo? (Eu acho que o nome científico para essa tela é "Visão Geral de Atividades". De qualquer forma ...)
Tente manter pressionada a tecla Ctrl
enquanto clica com o botão esquerdo do mouse no ícone xterm, que deve abrir outra instância.