Eu fiz isso; Quando eu peguei um novo laptop há cerca de 2 anos atrás, eu apenas peguei meu velho disco rígido e o coloquei no novo. Alguns meses atrás eu atualizei o sistema operacional (Debian estável) e as coisas ainda estão funcionando bem. A única coisa que notei é que, em vez de eth0 e wlan0 , tenho eth1 e wlan1 .
Geralmente, as instalações do Linux incluem muitos drivers que você não precisa para o seu hardware, portanto, se você adicionar ou alterar qualquer hardware no futuro, o novo hardware "funcionará". Se você se desviar de distros comuns ou começar a personalizá-los por meio de um hardware que não possui ou remover drivers ou módulos do disco rígido, você pode ter problemas, mas provavelmente seu maior problema será encontrar uma placa de rede que sua distro não tenho um bom suporte para.
Se você tiver paus separados, eles podem se sentir "mais limpos" (ao instalar o software que você não usa, etc., e passar para o "novo"), mas a clonagem provavelmente removerá alguma manutenção dores de cabeça como senhas diferentes, diferentes versões de software, etc.