O APT classifica pacotes instalados como instalados automaticamente ou instalados manualmente. Se um pacote estiver marcado como instalado automaticamente, ele será automaticamente removido se nenhum pacote instalado manualmente depender dele.
Se você não usar um pacote diretamente, é melhor se ele estiver marcado como instalado automaticamente. O maior benefício é melhoras mais suaves se o pacote for substituído por um pacote com um nome diferente. Em particular, as bibliotecas devem sempre ser marcadas como instaladas automaticamente, a menos que sejam usadas por um executável instalado manualmente. Os aplicativos grandes geralmente são divididos em vários pacotes e a divisão muda de tempos em tempos, portanto, é melhor manter apenas o pacote principal e a funcionalidade opcional que você deseja, como instalados manualmente, e permitir que o restante seja gerenciado automaticamente. Por exemplo, mantenha libreoffice como instalado manualmente e deixe os outros pacotes serem automáticos.
Você precisa marcar os pacotes como instalados manualmente, se você os usar, no entanto. Normalmente, isso acontece automaticamente porque qualquer solicitação explícita para instalar um pacote o marca como instalado manualmente, por exemplo, apt-get install PACKAGE ou o equivalente da GUI.
Use o comando apt-mark para manipular o banco de dados de pacotes automático / manual. apt-mark auto PACKAGE declara PACKAGE como instalado automaticamente e apt-mark manual PACKAGE declara PACKAGE como instalado manualmente.
Execute apt-get autoremove para remover todos os pacotes que não são requeridos por nenhum pacote instalado manualmente. Você recebe um aviso de confirmação, portanto, se isso ainda remover os itens que você deseja manter, cancele e declare mais pacotes como instalados manualmente.