Descobri que não era necessário usar a opção recursiva (-R) nesse caso.
Apenas fazendo isso:
setfacl -m u:username:rwx /root
Foi o suficiente para me dar acesso de execução a / root como usuário normal e também tentei copiar alguns executáveis para o diretório e subdiretórios. Eles funcionaram como se eu estivesse acessando meu diretório pessoal.
Obrigado ao vfbsilva pela resposta, o que me fez tentar a abordagem mais simples. Eu inventei o comentário deles.