Você precisa usar su
para alterar o usuário:
$ sudo lxc-attach -n test -- su ubuntu -c 'whoami'
ubuntu
Seu comando ficaria assim (se você não souber o nome de usuário):
lxc-attach -n container -- 'su $(getent passwd 1000| cut -f1 -d:) -c "python3 some_program.py"'