O arquivo /etc/skel/.bash_profile
é copiado para ~/.bash_profile
quando um novo usuário é criado.
No Fedora 25, acredito que este arquivo contenha a declaração
PATH=$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin
O pessoal do Fedora aparentemente pensou que esses dois locais são comumente usados para executáveis privados e, portanto, tornou o padrão adicioná-los ao PATH
.
Você deve conseguir localizar essa linha no seu arquivo ~/.bash_profile
e comentá-la ou excluí-la. Não há nada de errado em fazer isso se você não estiver usando esses dois diretórios (ou se eles não existirem).
Referência: link (última postagem no tópico, na parte inferior)