Eu realmente não sei, mas acho que, se você substituir o Gerenciador de Inicialização do Windows, não poderá mais inicializar no Windows. Mas você pode alterar em seu UEFI / BIOS o disco rígido padrão a partir do qual você inicializa. Agora você inicializa no Linux Mint e digita o comando:
sudo update-grub
Agora, em algum lugar, deve haver uma linha como esta:
Found Windows [Version] (Loader) on /dev/{hard disk of the Windows Installation}
Agora você pode reinicializar seu computador e ver no menu GRUB uma entrada para o Gerenciador de Inicialização do Windows. Se você escolher, deverá ver a inicialização do seu Windows.