Qualquer pacote instalado com o gerenciador de pacotes de uma distribuição continuará a receber atualizações (supondo que atualizações sejam disponibilizadas), independentemente de como ele foi instalado. Portanto, no seu caso, todos os pacotes recebidos por ubuntu-mate-meta continuarão recebendo atualizações, mesmo se você remover ubuntu-mate-meta .
Note que você provavelmente precisará marcar todos os pacotes como "não instalados automaticamente", usando aptitude (a tecla m ) ou apt-mark manual , se você quiser evitá-los sendo removido da próxima vez que você executar apt-get auto-remove ou algo semelhante.
Por acaso, ubuntu-mate-meta não foi removido porque o gerenciador de pacotes considerou que não era usado; ele foi removido porque depende de hexchat , portanto, ele não pode permanecer instalado se hexchat for removido - se você informar ao gerenciador de pacotes para remover hexchat , ele pressupõe que você realmente deseja isso e removerá ubuntu-mate-meta ( depois de pedir confirmação).