Eu não acho que isso é possível através do menu Modelos, mas você poderia criar um script do Nautilus para conseguir o mesmo. Algo parecido com o seguinte deve funcionar:
#!/bin/bash
# Create folder structure from template
TemplateDir="$HOME/Folder templates/dir1"
WorkingDir="$PWD"
cp -r "$TemplateDir" "$WorkingDir/"
Coloque sua pasta com subpastas e arquivos em ~/Folder templates
e modifique a linha TemplateDir
de acordo. Em seguida, siga estas instruções para instalar o script.
Quando terminar, clique com o botão direito do mouse em uma área vazia da janela do Nautilus e selecione Scripts → seu nome de script . Isso deve criar uma cópia do seu diretório de modelos na pasta atual.