Um método é usar a função substr
do awk. Por exemplo, começando com essa entrada:
$ cat input
abcdefghi.234,12345,xyz
riosadsef.543,19432,eis
baifafsag.342,01934,eod
Podemos imprimir as colunas um e três, omitindo os quatro últimos caracteres da coluna um com:
$ awk -F, '{print substr($1, 1, length($1)-4), $3}' input
abcdefghi xyz
riosadsef eis
baifafsag eod