Eu tive o mesmo problema que você e encontrei a solução no wiki do Fedora (ao tentar obter os arquivos EFI) O problema é que, como Michael disse, os programas para criar USBs ao vivo (Rufus, unetbooting, etc.) só funcionam no modo legado. Eu usei o Fedora Media Writer e consegui inicializar o UEFI sem problemas. Meu computador reconheceu Kali assim que foi conectado. É uma instalação muito simples. Ele cria uma partição bloqueada com os arquivos ISO Kali e, em seguida, uma segunda partição com o que se parece com um mini grub loader para inicializar. Olhando para o site da Kali, acredito que o guia faz algo semelhante, porque a persistência acaba sendo sda3 e não como seria com Rufus. Espero que isto ajude.
TLDR: Use o Fedora Media Writer para criar seu USB ao vivo. Os outros programas funcionam apenas no modo legado