Meu primeiro conselho seria mudar seu shell para outra coisa. Dito isso, isso deve fazer o que você quer:
set file = "V_181_V_d_2_um_phi_4.50_eV_tOn_0.5_ns/SteadyState_out.e"
set newname = "'echo $file | cut -d "/" -f1'.e"
mv "$file" "$newname"
Isso não salvará o arquivo em seu diretório original. Eu não sei se é isso que você quer, já que você não explicou realmente o que você está tentando alcançar, mas se você quiser que o arquivo permaneça em seu diretório original, você pode fazer:
set dirname = "V_181_V_d_2_um_phi_4.50_eV_tOn_0.5_ns"
set file = "SteadyState_out.e"
set newname = "'echo $dirname | cut -d "/" -f1'.e"
mv "$dirname"/"$file" "$dirname"/"$newname"