Estou executando o Kali-Linux-2017.1-vbox-amd64 e atualizei o & & atualizou e enfrentou o mesmo problema que você. Eu consertei adicionando o seguinte comando no final do arquivo ~ / .bashrc:
# Enable VirtualBox Clipboard
VBoxClient --clipboard
Digite o comando no seu terminal ou reinicie-o (o terminal) e sua área de trabalho funcionará novamente.