Você atualizou recentemente o kernel nesta instalação? Tipicamente, o iptables é embutido no kernel e, por padrão, não é um módulo externo (normalmente - tenho certeza de que há muitas situações em que não é esse o caso).
Tente o comando depmod para recalcular a ordem de carregamento do módulo; corrigirá este problema de vez em quando:
sudo depmod
Você precisará reiniciar depois de executar o depmod para ter um impacto. Se você receber um erro, atualize sua pergunta com ele.
Em seguida, veja se ip_tables.ko
está presente:
sudo modinfo ip_tables
Se não estiver carregado, tente carregá-lo:
sudo modprobe ip_tables
Por fim, como um ponto de dados potencialmente valioso, veja quais módulos do kernel relacionados ao iptables estão em uso com este comando e atualize sua pergunta com os detalhes.
cat /proc/net/ip_tables_matches
Se simplesmente não for encontrado, tente ver se o arquivo está no sistema:
find / -name "ip_tables.ko"
Se não for, acredito que você terá que, no mínimo, reconstruir (ou reinstalar a partir de pacotes) os módulos do kernel para sua versão do kernel.