A versão mais recente do mutt agora incorpora o trash, então simplesmente atualizando para o mutt 1.7.0 ou mais tarde, você deve ter o comportamento desejado.
No ChangeLog para 1.7.0 :
+ $trash, when set, specifies the path of the folder where mails marked for deletion will be moved, instead of being irremediably purged. + The function can be used to delete an entry and bypass the trash folder.
Estou usando o patch de lixo há muito tempo (e ocasionalmente atualizando-o para aplicar em novas versões), portanto, essa é uma adição bem-vinda.