Usando umask 0022
antes de fazer a cópia, você obterá todos os arquivos novos com -rw-r--r--
permissões por padrão, mas os arquivos poderão ser executados somente invocando diretamente chmod + x neles.
Você pode usar o comando abreviado: chmod -R a+rX directory
para fazer isso manualmente.
Para definir automaticamente todas as permissões de arquivo, você pode usar inotifywait assim:
inotifywait -qm <directory> -e create -e moved_to -e modify \
| while read a b c; do chmod a+rX "${a}${c}"; done