A única maneira de fazer isso é executar limpo depois de instalar os pacotes mencionados. Isso é necessário devido à maneira como o apt e o dpkg interagem. Apt chama o dpkg com o caminho de todos os pacotes e permite ao dpkg fazer o seu trabalho, mas para tal acontecer os pacotes deb devem estar no disco, ie. não pode estar na mosca. Adicionar uma opção DPkg::Post-Invoke
emitindo o comando apt-get clean pode ser suficiente.
Uma alternativa pode ser modificar o caminho Dir::Cache::archives
para apontar para um armazenamento temporário que seria limpo na reinicialização, por exemplo.