Question 1: Are .pem and private keys the same thing when generated using sshkeygen?
Geralmente sim.
Question 2: What is the correct way to generate a .pem file on ubuntu
Use ssh-keygen . Ele não gerará pem , mas id_rsa em ~/.ssh/ , mas é o caminho padrão a seguir.
Question 3: what is the correct way to transfer files from a remote host to your local machine
Use ssh-copy-id . Para chave e host específicos, seria ssh-copy-id -i /path/to/key.pem host . Após o pedido de senha, as chaves devem ser copiadas e configuradas corretamente, se o sistema remoto tiver configurações padrão.