Você não pode canalizar a saída de uma sessão SQLite interativa porque não é um shell. |
não faz no SQL o que faz em uma linha de comando. O que você provavelmente precisa fazer é algo parecido com sqlite3 /path/to/mydata.sqlite "select * from todos" | grep vim
, que executará o SQL e grep
da saída como você parece estar tentando fazer.