scp
fornece cópia de arquivo através de uma conexão ssh, então a habilidade do ssh de executar automaticamente um comando na conexão é o que o scp usa para copiar o (s) arquivo (s), então você não pode tocar nisso.
Você tem duas opções:
1) copie o arquivo via ssh de um host linux / cygwin:
cat local-file | ssh host 'cat > remote-file & your-command'
2) execute uma tarefa cron para monitorar uma determinada pasta ( /folder
no exemplo abaixo) e processe os arquivos (um por um, primeiro movendo o arquivo para outro lugar (para /processed/
no exemplo abaixo), portanto não mais pegou, depois processou com o seu script ( your-command
no exemplo abaixo, com o arquivo para processar como argumento).
* * * * * find /folder -type f -mmin +1 -maxdepth 1 | while read file; do mv "$file" /processed/; your-command "/processed/${file##*/}"; done
Certifique-se de adicionar -mmin +1
(modificado há mais de um minuto), caso contrário arquivos podem ser processados enquanto são copiados.