Você está confundindo o rsync incluindo diretórios na linha de comando e no arquivo e tendo o caractere curinga. Isso pode ser mais o que você quer:
$ cat lists.txt
text1.txt
$ ls A
text1.txt toskip.txt
$ rsync -av --files-from=lists.txt A/ B/
building file list ... done
created directory B
text1.txt
sent 89 bytes received 31 bytes 240.00 bytes/sec
total size is 0 speedup is 0.00
$ ls B
text1.txt
Portanto, lists.txt
inclui apenas os nomes dos arquivos e não o diretório, e na linha de comando você especifica o diretório de origem A
. Podemos ver que apenas copiou o arquivo listado no arquivo lists.txt
e pulou o outro.