Basta remover todos os casos de IdentityFile e adicioná-los novamente explicitamente:
$ perl -i -ne 'next if /IdentityFile/;
s#YOURNAME#adminuser\nIdentityFile ~/.ssh/id_rsa#;
print' file
$ cat file
User adminuser
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
.
.
.
User adminuser
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
Installing
Installing
O next if /IdentityFile/ ignora as linhas correspondentes a IdentityFile . O s#YOURNAME#adminuser\nIdentityFile ~/.ssh/id_rsa# substituirá qualquer instância de YOURNAME por adminuser , uma nova linha e a linha IdentityFile . O% final print imprime todas as linhas.