Não, em geral isso não é possível.
Um servidor FTP geralmente tem comandos para obter informações sobre arquivos e diretórios e para armazenar, recuperar, excluir e renomear arquivos. Comandos para montar dispositivos e enviar mensagens para os usuários também são padronizados, mas não implementados nos servidores atuais. Veja a lista de comandos FTP na Wikipedia para detalhes. Nenhum RFC menciona um comando para extrair arquivos de um arquivo morto.
Pode ser possível que alguns servidores implementem descompactação através do comando SITE
ou de um comando proprietário, mas em geral você precisa extrair os arquivos em sua máquina local e enviá-los descompactados ou usar outro protocolo como SSH para executar descompactar / untar.