Eu tive o mesmo problema e sua solução funciona bem. Você pode manter o miniaplicativo do comutador (e o atalho do teclado do comutador) executando setxkbmap -layout de,us
como um aplicativo de inicialização. Isso funcionará se o layout listado na parte superior das configurações do teclado for o teclado dos EUA. Caso contrário, o comando deve ser setxkbmap -layout us,de
.
Eu acho que é um bug estranho em configurações de teclado canela ou gnome.