Você vinculou seu script a K99 . Ao alterar o nível de execução, os scripts K * são chamados com a opção stop , e os scripts S * são chamados com a opção start ou stop para o nível de execução 0 (shutdown). Eles são chamados em ordem numérica.
Portanto, você deve remover seus links K99 e substituí-los por K00 links para que eles sejam executados primeiro (antes do script que realmente interrompe o sistema!).