Você pode usar printf para formatar seus números. Aqui, o %02d indica um inteiro de dois dígitos com zeros à esquerda, se apropriado.
dd=$(printf "%02d" $i)
Você pode estender isso para que, se $y , $m , $d e $h contiverem seus números de ano, mês, dia e hora, a construção possa se tornar essa
file=$(printf "file_%04d%02d%02d%02d.nc" $y $m $d $h)
Enquanto estamos aqui, sua construção ${dd}=i está incorreta. O símbolo $ é prefixado na frente de um nome de variável para obter o valor dessa variável (no seu caso, i é a variável e $i equivale ao seu valor). Então, no seu caso, você teria escrito dd=$i .