Não há uma receita milagrosa para restaurar as permissões, além de restaurar a partir de um backup. Mas, felizmente, para você, as permissões em um diretório inicial típico normalmente não são muito diversas.
- A maioria dos arquivos regulares deve ter permissão
rw-r--r-- (644) se você não se importar que outros usuários possam lê-los, ou rw------- (600) se eles forem privados.
- Diretórios devem ter permissão
rwxr-xr-x (755) se você não se importar que outros usuários possam acessar arquivos neles, ou rwx------ (700) se você quiser que todos os arquivos neles sejam privados.
- Se você precisar trabalhar com outros usuários na mesma máquina, talvez seja necessário conceder-lhes acesso por meio de grupos ou ACL, mas você saberia sobre isso.
- O diretório
.ssh precisa ser mais restritivo. O simples é torná-lo totalmente privado.
- Os arquivos que você deseja executar precisam ser executados. Eles estão bem no meio, a menos que você tenha um software instalado em seu diretório pessoal.
A partir de tudo no modo 755, isso deve principalmente consertar as coisas:
find ~ -type d -exec chmod 755 {} + -type f -exec chmod -x {} +
chmod +x ~/bin/*
chmod go= ~/.ssh ~/.ssh/*