Seu relógio está uma hora atrasado - a diferença UTC para EEST é de 3 horas, então o tzdata converte corretamente as 09:04 UTC em 12:04 EEST. Faça o seu relógio avançar uma hora, por ex. executando ntpdate pool.ntp.org .
Após o horário de verão (último domingo), a saída "date" está errada.
Eu corro dpkg-reconfigure tzdata , defino o fuso horário (novamente) para Europa / Atenas e ainda exibe a hora errada.
Depois de dpkg-reconfigure tzdata , ele gera:
Current default time zone: 'Europe/Athens'
Local time is now: Wed Mar 30 12:04:07 EEST 2016.
Universal Time is now: Wed Mar 30 09:04:07 UTC 2016.
Mas o tempo real em Atenas agora é 13:04:07 devido ao horário de verão. Eu também estou confirmando o tempo real real através de www.timeanddate.com
date também gera:
Wed Mar 30 12:04:77 EEST 2016
Estou executando o Debian GNU / Linux 8