Se você usa um shell moderno como bash ou zsh , pode usar algo como:
for i in words/*/*{1,2}.txt; do awk -f script.awk "$i"; done
Se, por qualquer motivo, você precisar de compatibilidade com /bin/sh , poderá usar essa solução um pouco mais detalhada e menos legível
for i in words/*/*1.txt words/*/*2.txt; do awk -f script.awk "$i"; done