Como mencionado nos comentários, o que você está pedindo é exatamente o que comm faz. Execute comm -32 file1 file2 para ver as linhas em file1 que não estão presentes em file2 ou comm -31 file1 file2 para ver as linhas em file2 que não estão presentes em file1 ou comm -3 file1 file2 para ver as linhas que estão presentes apenas em um dos arquivos, com as linhas exclusivas para file2 recuadas por uma guia.
Observe que comm exige que sua entrada seja classificada. Se você já tiver arquivos classificados, verifique se eles estão classificados na mesma localidade .