Use o programa wmctrl
.
um exemplo (feito com o KDE como DE)
#list open windows
wmctrl -l
0x01e001a6 -1 HOSTNAME plasma-desktop
0x01e007c1 -1 HOSTNAME plasma-desktop
0x01e00194 -1 HOSTNAME plasma-desktop
0x01e0019d -1 HOSTNAME plasma-desktop
0x03c00064 0 HOSTNAME Inbox - Mozilla Thunderbird
0x0240001a 0 HOSTNAME pam.d : bash – Konsole
0x04e00009 0 HOSTNAME
0x03e0006e 0 HOSTNAME shell - check the list of Open window - Unix & Linux Stack Exchange - Mozilla Firefox
0x03e6efe3 0 HOSTNAME Mozilla Firefox
#now close the empty firefox session: (-c for close, -i for using the hexnumber of the first column as identifier)
wmctrl -ic 0x03e6efe3
Você também pode usar este programa para alterar geometrias de janelas, selecionar janelas, mover janelas, alterar títulos de janelas, etc. Verifique man wmctrl
para visualizar as possibilidades.